KnowHow

Wineで実行したいWindowsの.exeファイル（アプリケーション）は、通常、WineのPrefix（仮想Windows環境）の「Cドライブ」に相当するディレクトリにインストールされます。

詳細

Wineを使ってインストーラー（例：setup.exe）を起動すると、Windowsと同じようにインストールウィザードが表示され、インストール先を指定できます。

デフォルトでは、WineのPrefix（通常は~/.wine、またはWINEPREFIXで指定したディレクトリ）の中にある
drive_c/Program Files/
または
drive_c/Program Files (x86)/
などのフォルダにインストールされます

例
デフォルトPrefixの場合（~/.wine）

64bitアプリ:
~/.wine/drive_c/Program Files/アプリ名/

32bitアプリ:
~/.wine/drive_c/Program Files (x86)/アプリ名/

独自Prefixの場合（例：~/wineprefix32）

~/wineprefix32/drive_c/Program Files/アプリ名/

インストール手順イメージ

1. exeファイル（インストーラー）をダウンロード

2. ターミナルで

wine setup.exe

または

WINEPREFIX=~/wineprefix32 wine setup.exe

64ビットでインストールするには

WINEARCH=win64 WINEPREFIX=~/wineprefix64 wine setup.exe

または

WINEPREFIX=~/wineprefix64 wine setup.exe

※WINEARCH=win64は、Prefix（仮想Windows環境）を初めて作成する時だけ必要です。
すでに~/wineprefix64が64bit Prefixとして作成されていれば、以降はWINEPREFIX=~/wineprefix64 wine setup.exeだけでOKです
※~/wineprefix64　は、Wineのインストール先などを考慮する必要がなく、この書き方でOK
~/wineprefix64 は「Wineの仮想Windows環境（Prefix）」の保存場所を表しています。
これはWine本体のインストール先（例: /usr/bin/wine や /opt/wine）とは無関係です。
~/wineprefix64 のように、任意のディレクトリ名・パスでOKです（ユーザーのホームディレクトリ配下が一般的です）。

インストールウィザードで「C:\Program Files\アプリ名」などのフォルダが指定される（デフォルトのままでOK）

※Windowsアプリケーションの多くはインストールウィザード（セットアップ画面）を持っているため、Wineでインストール作業を行う場合はGUI環境（Xサーバなど）が必要です
Wineでwine setup.exeなどを実行すると、Windows同様のインストールウィザード（グラフィカルな画面）が表示されます。

この画面で「次へ」「同意する」などをクリックしながらインストール作業を進めます。
そのため、コマンドライン（CUI）環境だけではインストール作業ができません。

XサーバやWaylandなどのGUI環境が動作している必要があります。
SSH経由の場合はssh -X（X11転送）などでGUIを転送できますが、ローカルのXサーバが必要です。

補足

インストールせずに実行したい.exeがある場合は、どこに保存しても構いませんが、多くのWindowsアプリはインストール作業を必要とし、Wineの仮想Cドライブ（drive_c）配下に保存されます。

インストール後は、Wine Prefix内のdrive_c/Program Files/アプリ名/にある.exeをWineで実行します。

まとめ

WineでインストールしたWindowsアプリは、Prefix内の「drive_c/Program Files/」などに保存されます。

インストーラーを使わず直接.exeを実行したい場合は、任意の場所に保存してWineで実行できますが、アプリによっては仮想Cドライブ内に置いたほうが動作が安定します

アプリの実行

コマンドラインから実行

１．アプリのインストール場所を確認
通常、WineのPrefix（例：~/.wineや~/wineprefix64など）の中の
drive_c/Program Files/アプリ名/
または
drive_c/Program Files (x86)/アプリ名/
に実行ファイル（.exe）がインストールされています

２．ターミナルで実行

WINEPREFIX=~/wineprefix64 wine "C:\Program Files\YourApp\yourapp.exe"

または、パスをLinux形式で指定する場合：

WINEPREFIX=~/wineprefix64 wine ~/wineprefix64/drive_c/Program\ Files/YourApp/yourapp.exe

※WINEPREFIXは、Prefixを分けている場合のみ指定します

ファイルマネージャーから実行（GUI）

インストール先のdrive_c/Program Files/アプリ名/にある.exeファイルをファイルマネージャーで右クリックし、「Wine Windows Program Loaderで開く」を選択して実行できます。

Ubuntuなどでは、.exeファイルをダブルクリックでWine経由で起動できるように設定も可能です。

ショートカットの作成

デスクトップやメニューにショートカットを作成して、ダブルクリックで起動することもできます。

まとめ

コマンドラインまたはファイルマネージャーの右クリック/ダブルクリックで、Wine経由でWindowsアプリを実行できます。

実行ファイルの場所は、Wine Prefix内のdrive_c/Program Filesなどです