#SBATCH --mem=32Gの指定がない場合
| 登録日 | :2024/05/21 04:39 |
|---|---|
| カテゴリ | :SLURM |
[#SBATCH --mem=32G]の指定がない場合、SLURMはデフォルトのメモリ設定を適用します。このデフォルト値は、クラスターの設定やジョブのパーティションに依存します。以下に、メモリ指定がない場合の一般的な処理について説明します。
デフォルトのメモリ割り当て
パーティションのデフォルトメモリ: 各パーティションにはデフォルトのメモリ制限が設定されている場合があります。メモリ指定がない場合、ジョブはこのデフォルトメモリ制限を受けます。
ノードのデフォルトメモリ: ノード全体のメモリがジョブに対して均等に割り当てられる場合があります。この場合、ジョブはノード上の利用可能なメモリを他のジョブと共有します。
ジョブの失敗: メモリ要求が特定されておらず、ジョブが使用可能なメモリ以上を必要とする場合、ジョブはメモリ不足で失敗することがあります。
メモリの自動割り当て
デフォルトのメモリ割り当ては、クラスター管理者が設定しているため、クラスターごとに異なります。いくつかの例を以下に示します。
例1: パーティションにデフォルトメモリが設定されている場合
$ sinfo -o "%P %m"
PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST
compute up infinite 20 idle node[001-020]
ここで、compute パーティションにデフォルトのメモリ制限が設定されている場合、その制限が適用されます。
例2: ノードのデフォルトメモリ割り当て
ノード全体のメモリが均等に割り当てられる場合があります。例えば、1ノードに64GBのメモリがあり、4つのジョブがそのノードで実行されると、各ジョブは自動的に約16GBのメモリを使用できるようになります。
メモリ要求を指定しない場合のリスク
パフォーマンスの低下: 必要なメモリが不足していると、スワップ領域が使用され、パフォーマンスが低下します。
ジョブの失敗: メモリ不足が原因でジョブが途中で失敗するリスクがあります。
リソースの非効率利用: 他のジョブとのメモリ競合が発生し、クラスター全体のリソース利用効率が低下します。
メモリ要求の明示的な指定
ジョブスクリプトで明示的にメモリを指定することで、これらの問題を回避できます。以下は、ジョブスクリプトでメモリを明示的に指定する例です。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=CFX_job
#SBATCH --output=CFX_output_%j.txt
#SBATCH --error=CFX_error_%j.txt
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --mem=32G # 明示的にメモリを指定
# モジュールのロード
module load ansys/CFX
# 環境変数の設定
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
export CFX5RSH=ssh
# ジョブの実行
cfx5solve -def input.def -par-local -partition $SLURM_NTASKS
まとめ
[#SBATCH --mem ]指定がない場合、SLURMはクラスターのデフォルト設定を使用しますが、これはクラスターごとに異なるため、ジョブのパフォーマンスや成功率に影響を与える可能性があります。明示的にメモリ要求を指定することをお勧めします。他に具体的な問題やエラーメッセージがあれば、その情報に基づいてさらに詳細なアドバイスを提供しますので、お知らせください。